东北林业大学机电工程学院是东北林业大学现代工业技术人才培养和科学技术研究规模最大、实力最雄厚的工业技术类学院，是中国林业与木工机械研究的发源地。学院始建于1959年，原名林业机械系，1989年10月更名为机电工程系，1995年11月，经原林业部批准正式成立机电工程学院。 东北林业大学体育馆位于文昌街西侧，建筑面积37000[1]平方米，馆内设施齐全，可满足一般国际性比赛的要求。馆内设有篮球、排球、乒乓球、羽毛球等多种球类场地，并设有健身房、体操房、舞蹈房等。主场地能容纳5043名观众同时观看比赛。是东北三省高校内最大的综合性体育馆。此场地是学校举行重大多人会议、篮球比赛等的场所。比如已经举办的中欧男篮锦标赛 东北林业大学林学院是东北林业大学最具特色的学院，始建于1952年院校调整后的东北林学院森林系，1956年改设为林学系，1993年更名为森林资源与环境学院，2003年更名为林学院。学院以林学为特色，以森林基础生物科学研究和森林资源的培育、管理、保护和利用、及生态环境保护与建设的理论与技术为主线，进行专业和学科建设；以本科教育为主，大力发展研究生教育，培养森林基础生物科学研究、森林资源培育与管理、生态环境保护与建设和森林资源综合利用等领域的、具备创新创业能力的、高素质的科学研究、应用技术和经营管理等方面人才；建设目标是国内一流，国际上知名的研究型学院。 东北林业大学工程技术学院前身为原东北林学院的森林工业系（1952-1956），森林采伐运输机械工业系（1957-1985），森林采运工程系（1986-1993）和森林工程系（1994-1999）。经过50年的努力拼搏，现在工程技术学院已拥有一个国家级重点学科，并设有林业工程博士后流动站，有一个博士点（森林工程）、两个硕士点（森林工程和管理科学与工程）和两个工程硕士点（林业工程和工业工程）。有4个本科专业（森林工程、工业工程、包装工程和物流工程） 东北林业大学文法学院源于1952年东北林业学院建院时设立的政治教育教研室，1956年改为马列主义教研室。经林业部批准,1985年1月5日，马列主义教研室更名为社会科学部。1989年，社会科学部更名为社会科学系。1997年8月27日，社会科学系更名为人文社会科学学院，在当时，这是全国林业高等院校中第一个社科学院。2010年4月，人文社会科学学院又更名为文法学院。 东北林业大学交通运输工程学院，学科始建于1957年，是我国最早涉猎汽车工程、载运工具运用工程、汽车运用与修理、林业机械运用与修理领域的学科点之一。经过历代学人的智慧和心血，浸润了师长的奋斗和汗水，衍变成今天的“交通运输工程学院”。交通运输工程学院现有载运工具运用工程工学博士授权学科（同济大学、东南大学、吉林大学等15所院校具有该博士点授予权）、载运工具运用工程工学硕士授权学科、交通运输工程领域工程硕士授权学科；学院现办有汽车工程、汽车运用工程、汽车服务工程、物流管理、交通工程、交通土建工程等6个本科专业培养方向。 以培养了4000多名本科生，200多名博士、硕士研究生和多名留学生，其中有省部级领导、科学家、教育家、企业家等，毕业生分布在全国汽车制造业、汽车维修业、汽车销售业、物流企业、汽车及交通运输教育、研究部门；交通运输管理部门；交通运输企业和城市交通管理部门等及欧美等国，桃李满天下。 东北林业大学携手社会各界建设“中国（哈尔滨）森林博物馆”，以林型（种群、群落和生态系统）作为馆藏基石，承载原始森林、近现代森林和森林文化与生态文明所积淀的厚重内涵，从森林与自然界、森林与人类两大方向诠释人类社会与生态环境关系，全面展现林业发展历史，凝练森林文化内涵，传承行业精神，彰显生态文明，耦合社会经济，长效发挥“收藏与积淀、教育与研究、展示与交流、文明与进步”的功能，成为我国森林文化的新地标、生态文明的新窗口、一个可以影响未来的新起点。 东北林业大学马克思主义学院成立于2012年11月，其前身是2010年4月成立的马克思主义教研部。学院现有专兼职教师51人，其中专任教师29人，专任教师中教授7人，副教授13人，获得博士学位及在读博士研究生19人、获得硕士学位8人。学院设有6个教研部，1个网络实验室，主要承担全校本科生及研究生的思想政治理论课等6门必修课的教学任务；有1个博士后流动站，1个二级学科博士点，1个一级学科硕士点，在校研究生已达200多人；学院现有3个研究中心，其中生态文明研究中心是黑龙江省教育厅人文社科重点研究基地和黑龙江省哲学社会科学重点研究基地。 东北林业大学外国语学院的前身是学校基础部外语教研室，于1985年成立外语系，于1999年建立外国语学院。学院资料室现有各种外语藏书以及各种期刊5800余册，中外文期刊180种以及众多的音像资料。学院电化教研室拥有现代化网络、多媒体等教室18个和1155个座位，使用面积1000多平方米。 东北林业大学野生动物资源学院是特色非常鲜明、学科专业齐全、专门培养野生动物领域高级人才的高等教育学府。经过50 多年的发展，人才培养已包括学士、硕士、博士、博士后、专业学位、各类在职进修培训等各个层次，在中国野生动物教育研究领域中享有盛誉。 东北林业大学材料与工程学院是国内相关领域综合实力最强的院系之一，其前身为东北林业大学林产工业系，1993年成立林产工业学院。2001年，基于对学院建设与发展的长远设想，将林产工业学院更名为材料科学与工程学院，把学院的发展方向调整到世界科技发展的主流方向。 东北林业大学成人高等教育学院，是该校教育教学基本任务之一。该校成人教育创办于60年代，1963年开始举办成人学历教育，是经教育部批准备案的黑龙江省最早举办函授教育或夜大学教育的五所院校之一。随着国家成人高等教育事业和学校的发展，随着国家成人高等教育的迅速发展，该校成人教育针对人才市场的需求也不断扩大办学规模，努力加强教学基本建设，全面深化教育教学改革，并取得了长足进步。学校1991年成立了东北林业大学成人教育学院，该校成人教育走入了快速发展的新阶段。 东北林业大学图书馆是集传统和数字为一体的复合型图书馆。是黑龙江省藏书最多，建筑面积最大，开馆时间最长的图书馆。文献资源体系以林学、生物学及林业工程学科为特色，理、工、文、管、法等学科内容齐全，是国内林学文献信息收藏最完整的图书馆之一，也是联合国粮农组织（FAO）出版物指定收藏馆。 东北林业大学土木工程学院的前身—林区道路工程系，始建于1964年，经过几代土木人的努力与追求，以形成自己的办学特色和相应的办学规模。学院现有4个本科专业,即土木工程 专业、建筑环境与设备工程专业、工程管理专业和城市规划专业。具有林区交通工程博士学位授予权，具有道路与铁道工程硕士学位授予权、桥梁与隧道工程硕士学位授予权和结构工程硕士学位授予权，其中道路与铁道工程硕士点是省级重点学科。与兄弟学院联合建立城市规划、管理科学硕士学科，设有国家林业局工程质量监督管理总站检测中心，具有建设部定点培训的资格。 东北林业大学国际交流学院是最年轻的学院，始建于2009年，是我校国际教育交流的窗口。近年来，国际交流学院始终践行引入优质国际教育资源、探索多层次国际化教育的发展道路，不断创新教育交流机制，开拓教育合作途径；目前，国际学院已成为一个拥有先进教育理念、完善课程体系和国际化管理模式的现代化学院。
国际交流学院旨在传承东北林业大学人才培养的优良传统，同时引进和吸收西方现代高等教育的思想精髓，推进人才培养和教育教学改革，培育具有国际化视野的复合型高层次人才。到目前为止，学院已经培养了来着美国、加拿大、英国、法国、芬兰、瑞典、澳大利亚、俄罗斯、阿根廷、蒙古、韩国、日本、越南等国家的一大批优秀的留学生。 东北林业大学园林学院目前为国内同类院校中规模较大、专业较全、综合实力较强、办学特色突出的新型学院。学院现有园林、园林（风景园林）和艺术设计（环境设计）3个本科专业。园林植物与观赏园艺博士学科点，园林植物与观赏园艺和城市规划与设计硕士学科点，另有1个专业硕士学位点。其中园林植物与观赏园艺为国家林业局及黑龙江省重点学科。园林学院现有教职工72人，其中教师61人，教授8人，副教授14人，讲师25人。其中具有博士学位（含在读博士）21人，硕士（含在读硕士）39人。 东北林业大学生命科学学院是学校根据“211”工程建设规划，为加强国家人才培养基地建设和提升生物学人才培养质量，于2003年组建。学院设有生物科学（省级重点专业）及生物技术（国家级特色专业）两个本科专业，拥有国家生物学理科基础科学研究和教学人才培养基地及国家生命科学与技术人才培养基地，有在校学生840余人，其中本科生580余人，硕士博士研究生260余人。
东北林业大学理学院成立于1991年，原名师范学院，是由原数学系、物理系和化学系合并而成。2003年更名为理学院。学院下设三个系：数学系、物理系、化学化工系。学院的本科专业于80年代开始招生，现有数学与应用数学、物理学、化学、化学工程与工艺、应用化学、信息与计算科学6个本科专业，以及高分子化学与物理、生物物理学、应用数学和应用化学4个硕士点学科，高分子化学与物理为黑龙江省重点学科。学院共设12个教研室、2个实验教学分中心6个实验室、1个微机室和1个资料室。化学实验教学分中心被评为黑龙江省化学实验教学示范中心。学院还拥有一个阻燃材料分子设计与制备黑龙江省重点实验室和一个高分子新材料黑龙江省高校重点实验室。