<p class="ql-block">这周我们开展了生物信息学第四次研讨：有关蛋白质分析有关问题的讨论。前三个问题：</p><p class="ql-block">1.举例叙述如何用Predictprotein来进行蛋白质二级结构等特征分析？</p><p class="ql-block">2.举例简介Gene Ontology对蛋白质功能的预测</p><p class="ql-block">3.简介蛋白质相互作用的预测软件</p><p class="ql-block">我们将在第一部分解决，后面的四个问题以及提出的问题我们将会放到下篇来讲述。</p> <p class="ql-block">Gene Ontology（GO），中文译名为基因本体论，是基于机器可读性的基因和基因产物功能描述数据库。基因本体论数据库的目标是产生一个动态的、受控的词汇，即使关于基因和蛋白质在细胞中的作用的知识在不断积累和变化，也可以应用于所有真核生物。</p><p class="ql-block">基因本体把描述基因和基因产物功能的术语归纳到以下三个不同维度的本体：</p><p class="ql-block">（1）细胞组分：细胞的每个部分和细胞外环境。</p><p class="ql-block">（2）分子功能：可以描述为分子水平的活性，如催化或结合活性。</p><p class="ql-block">（3）生物过程：指由一个或多个分子功能有序组合而产生的系列事件。</p><p class="ql-block">每个本体中包含许多术语,这些术语之间用有向无环图(DAG)进行关系表示。基于Gene Ontology本体,研究者可以对基因和基因产物之间的功能联系进行描述、组织和分析。</p><p class="ql-block">运用NetGO网站进行检索</p> <p class="ql-block">同时三种不同结果的展示图如下：</p> <p class="ql-block">分子功能</p> <p class="ql-block">生物学过程</p> <p class="ql-block">细胞组分</p> <p class="ql-block">蛋白质相互作用（protein-protein interaction, PPI）是指两个或两个以上的蛋白质分子通过非共价键形成蛋白质复合体的过程。</p><p class="ql-block">蛋白质相互作用可以分为两种类型：直接相互作用和间接相互作用。直接相互作用是指蛋白质之间通过共价键或离子键等化学键直接结合在一起，形成稳定的复合物。例如，酶和底物之间的结合就是一种直接相互作用，通过这种相互作用，酶可以催化底物发生化学反应。间接相互作用是指蛋白质之间通过结合其他分子或离子等中介物而相互作用，形成不稳定的复合物或信号转导通路。例如，受体和配体之间的结合就是一种间接相互作用，通过这种相互作用，可以触发一系列信号转导通路，最终导致细胞内的生理或病理变化。</p> <p class="ql-block">预测方法：用STRING数据库和Cytoscape软件进行蛋白质相互作用分析</p><p class="ql-block">分析的起点是一组蛋白（名称或者ID号），它们可以来源于我们蛋白IP-MS筛选出来的所有互作蛋白，也可以是我们差异分析所筛选出来的全部差异表达蛋白，通常50-300个蛋白可以获得较好的图形展示效果。</p>