<p class="ql-block">生物信息学第二次讨论我们小组选择了线上研讨的形式，每位同学都积极参与沉浸在讨论学习的范围里，随机抓拍的每一瞬间大家都有在认真思考问题。</p> <p class="ql-block">接下来进入文章正题－BLAST相关问题的讨论（敲黑板）</p> <p class="ql-block">首先到达战场的是第一个问题：相似性和同源性的定义，区别及各自的分析软件简介。</p> <p class="ql-block">根据各位同学的回答我们小组总结出了自己的答案。</p> <p class="ql-block">首先是两个定义</p> <p class="ql-block">然后是两者之间的区别</p> <p class="ql-block">最后是使用怎样的软件来分析，关于这个问题我们只查找到了查找同源性分析的软件，并没有找到查找相似性的软件，希望能借鉴一下其他组的答案。</p> <p class="ql-block">然后我们来到了第二个问题：简述相似序列搜索的四个步骤及技巧。</p> <p class="ql-block">我们将以图片与文字相结合的方式来一步步为大家展示如何通过BLAST来进行相似序列的搜索</p> <p class="ql-block">首先四个步骤：</p><p class="ql-block">1.打开BLAST（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）主页。该网页中提供了四款BALST子工具，常用Nucleotide BLAST和ProteinBLAST。</p> <p class="ql-block">2. 点击Nucleotide BLAST进入工具内部，输入自己的序列。</p> <p class="ql-block">3.还可以对blast参数（Algorithm parameters）进行设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。（我们之后会提到E值是指什么，为什么E值比较重要）</p> <p class="ql-block">4.等待运行结束，跳出以下界面</p> <p class="ql-block">最后查看结果</p> <p class="ql-block">关于使用BLAST的技巧我们也总结了以下几点：</p> <p class="ql-block">解决以上问题之后我们来看第三个问题：简述BLAST及其BLASTN，BLASTNP，BLASTX，TBLASTN和TBLASTX的含义</p> <p class="ql-block">我们总结出</p> <p class="ql-block">我们可以用一张图片简洁明了的表示他们的关系以及区别</p> <p class="ql-block">除了第三个问题提到的五种BLAST以外我们还有几种其他的BLAST，这正是我们第四题提出的问题：</p> <p class="ql-block">我们找到了其他的6种BLAST，他们分别是</p> <p class="ql-block">其中PSI-BLAST，BLASTP和PHI-BLAST还存在如下图一样的包含关系</p> <p class="ql-block">接下来是第五个问题：</p> <p class="ql-block">我们在前面第二问如何操作BLAST时提到了结果的E值，那E值生物统计学上的定义指什么，在BLAST结果中又代表着什么含义呢？</p> <p class="ql-block">接下来是我们小组关于这两个问题的思考，首先是生物统计学上的定义</p> <p class="ql-block">接着是在BLAST中代表的含义</p> <p class="ql-block">我们知道E值与Score都是与我们同源性分析结果密切联系的，具体表现在</p> <p class="ql-block">现在我们来到了最后一个问题：</p> <p class="ql-block">在弄清楚PAM矩阵与BLOSUM矩阵的区别联系之前，我们先要搞明白这两者分别是什么</p> <p class="ql-block">看定义我们可以判断两者都是判断蛋白序列相似性的对比计分矩阵，主要用于记录在做序列比对时两个相对应的残基的相似度，一旦这个矩阵定义好了以后，比对程式就可以利用这个矩阵，尽量将相似的残基排在一起，以达到最好的比对。</p> <p class="ql-block">那他们的区别又在哪儿呢？我们总结出了三条：</p> <p class="ql-block">在进行了以上问题的讨论总结之后我们小组提出了一些问题，并试图解决了一些部分</p> <p class="ql-block">另外给大家提供一个链接（一个视频）来帮助大家更好的了解和使用BLAST：https://www.zhihu.com/zvideo/1307405426833620992?utm_source=qq&utm_medium=social&utm_oi=1000441316697903104</p><p class="ql-block"><br></p> <p class="ql-block">以上就是我们小组生物信息学关于BLAST相关问题的讨论结果</p> <p class="ql-block">第三组成员：任倍佳 张钰洁 陈青青 陈瑞卿 柳国蓉</p>